Estas son nuestras recomendaciones con el objetivo
de que el servicio sea lo más eficaz posible:
> Contaminaciones
> Reactivos
compatibles con Espectrometría de masas tipo MALDI-TOF
> Procedencia
de la muestra
> Cantidad
de muestra
> Envío
de muestra
Contaminaciones
Durante
todo el proceso de obtención de la muestra para su posterior
análisis por espectrometría de masas, es fundamental
la limpieza en el material usado (usar material lavado con agua
milli-Q, pero no autoclavado). Es imprescindible el uso de guantes
para evitar contaminaciones con otras proteínas, como las
queratinas, que se encuentran en pelo, piel, determinado tipo de
ropa etc, ya que dificultan la identificación de la proteína
de interés.
Reactivos
compatibles con Espectrometría de masas tipo MALDI-TOF
Utilizar
reactivos de grado de pureza para HPLC y agua milli-Q.
·
Compuestos que no interfieren con espectrometría de masas:
Ac. Trifluoroacético, ácido fórmico, b-mercaptoetanol,
DTT, solventes orgánicos volátiles, HCl, NH4OH, ácido
acético.
· Compuestos que en concentración menor a 50 mM no
interfieren con espectrometría de masas:
HEPES, MOPS, Tris, NH4O, ac. octyl glucosido.
· Evitar los siguientes compuestos:
glicerol, azida sódica, DMSO, SDS, fosfatos, NaCl, 2M urea,
2M guanidina
Procedencia de
la muestra
La
muestra puede ser una proteína en solución, una banda
(gel monodimensional) o una mancha proteíca (gel bidimensional)
en poliacrilamida bien separada, teñida con azul de Coomassie
o tinción de plata compatible con espectrometría de
masas, de forma que la fijación al gel no sea irreversible(
ver protocolos).
Cantidad
de muestra
La
concentración de péptidos o proteínas necesaría
para su análisis por espectrometría de masas es de
al menos 5 fmol/µl a 1 pmol/µl. (1 pmol/µl = 10-6
M)
Esta cantidad se corresponde con una proteína detectada mediante
tinción con azul de Coomassie y la mayoría de las
detectadas mediante tinción de plata.
Envío
de muestra
Si
la muestra procede de un gel de poliacrilamida, recortar justamente
la mancha proteíca, evitando cantidades innecesarias del
gel y/o mezclas de proteínas. Se pueden recortar las bandas
de un gel monodimensional con un bisturí limpio, y las manchas
de un gel bidimensional con una punta de pipeta recortada (aproximadamente
1.5mm2).
Es necesario enviar un archivo de imagen del gel.
La
porción de gel que contiene la mancha proteíca se
deposita en un tubo eppendorf y se cubre con agua milli-Q.
Las
proteínas o digeridos trípticos se pueden enviar liofilizados.
