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El
Centro de Genómica y Proteómica de la Universidad Complutense de
Madrid dispone actualmente de los siguientes equipos en la Unidad
de Proteómica:
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1.
Espectrómetro de Masas con Fuente de Ionización MALDI (Matrix
Assisted
Laser Desorption Ionization)
y analizador tipo tiempo de vuelo (TOF) , modelo Voyager DE-STR
Biospectrometry Workstation con un Voyager 2 GHz Acquisition
System y CID (Cámara de Colisión) para trabajo en modo PSD de Applied
Biosystems.
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El espectrómetro de masas MALDI-TOF está especialmente diseñado
para el análisis y la identificación de péptidos y proteínas, mediante
la huella peptídica consistente en el análisis de las masas de los
péptidos resultantes de la digestión de una proteína.
También
nos posibilita la caracterización de proteínas y aminoácidos, basada
en la determinación exacta de sus masas.
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| 2.
Espectrómetro de masas tandem de cuadrupolo-tiempo de vuelo con
sistema de cromatografia liquida capilar (LC-MS-MS), modelo Q-TOFII
de Micromass. |
| El
sistema de altas prestaciones de Cromatografía líquida capilar-
Espectrómetro de masas de cuadrupolo/tiempo de vuelo Q-TOF, nos
permite elucidar y determinar la secuencia de aminoácidos de los
péptidos procedentes de la digestión tríptica de una proteína. Esta
técnica nos permite obtener una secuencia de novo y por tanto identificar
aquellas proteínas que no se encuentran anotadas en las bases de
datos. |
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| Al
llevar asociado un sistema de cromatografía líquida podemos separar
los péptidos mediante cromatografía microcapilar con diferentes
tipos de columnas de fase reversa y junto con las técnicas de ionización
de nano-electrospray nos permite la identificación de proteínas
con alta sensibilidad, del orden de pocos femtomoles. |
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Otra
aplicación es la caracterización de proteínas, analizando las modificaciones
post-traduccionales que presentan, como por ejemplo fosforilaciones
(fosfoproteómica).
Actualmente a este sistema se le puede acoplar una columna de intercambio
iónico y desarrollar un nuevo método denominado cromatrografia multidimensional
que nos permitiría analizar directamente extractos proteícos complejos,
sin necesidad de recurrir previamente a la separación de proteínas
mediante electroforesis bidimensional |
| 3.
Espectrómetro de masas 4700 Proteomics Analyzer con TOF/TOFTM
, con fuente de ionización tipo MALDI y dos analizadores tipo tiempo
de vuelo en tandem y cámara de colisión (CID) para fragmentación de
iones de Applied Biosystems. |
La identificación de proteínas no siempre es concluyente y no es posible
en el caso de especies cuyas proteínas están poco representadas en
las bases de datos. En estos casos es necesaria la fragmentación de
los péptidos para obtener la secuencia de aminoácidos y por tanto
la identificación de la proteína por diferentes medios (Búsquedas
en bases de datos de secuencias EST, análisis mediante BLAST, secuencianción
de novo). |
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Para realizar la fragmentación de péptidos la herramienta más adecuada
es un espectrómetro de masas en tandem.
Este
espectrómetro es muy util en la proteómica cuantitativa, siendo
compatible con la técnica ICATTM que nos permite
estudiar la expresión diferencial de una proteina en diferentes
condiciones o sistemas.
Los
requerimientos esenciales para lograr la identificación de proteínas
a partir de geles u otras fuentes, es una sensibilidad máxima (a
nivel de fmoles o menor) y una precisión y exactitud de masa (para
todo el intervalo de masas) del orden de 5-50 ppm, que cumplen los
3 espectrómetros de masas de los que disponemos.
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| 4.
Sistema robotizado de preparación de muestras para su posterior análisis
por MALDI-TOF, Symbiot Sample Workstation TM
de Applied Biosystems. |
| El
Symbiot tm es un sistema automatizado de preparación y aplicación
de muestras que permite la aplicación de calibrantes, matrices necesarias
para la ionización de las muestras en las placas indicadas para los
espectrómetros tipo MALDI. Este robot está controlado mediante software,
integrado con el programa informático general de control del espectrómetro,
para lograr la máxima automatización del proceso de adquisición de
espectros y su comparación con las bases de datos para la identificación
de péptidos y proteínas. |
| 5.
Digestor Multiple probe 215 liquid handler y Turbo Vap 96 Workstation
de Amersham Bioscience |
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Nos facilita llevar a cabo de forma automatizada la digestión de
proteínas con tripsina, en solución o bien, a partir de geles de poliacrilamida
mono- o bidimensionales, teñidos con Azul de Coomassie o con plata
y extracción de los péptidos. Así como la concentración de los péptidos
resultantes para su posterior análisis por espectrometría de masas. |
| 6.-
Sistema de medida automática de interacciones biomoleculares,
modelo Biacore 3000. Este equipo será adquirido próximamente. |
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